1966年（昭和41年）に加藤清美初代道院長により設立された、県下で2番目にできた道院です。当初より、大垣市体育連盟に加入し、大垣城にある市の道場で稽古をスタートさせた。当時は、稽古場所の都合で、稽古日が一定しないこともあり、様々な苦労があったようですが、大垣市警察署と一緒に護身術の公開練習を行ったりして少林寺拳法を地元に根付かせる活動をしてきました。

1979年、後藤昭一第二代道院長へとバトンが渡されます。地元に根付いた大垣道院より、行動力のある拳士の育成に力を注いできました。同氏は岐阜経済大学（現岐阜協立大学）の監督も勤め、週1回大学生も稽古に参加し、より充実した稽古を行っておりました。

1998年の大垣市武道館開館に伴い、稽古の場所を移しました。また、専有道場を、後藤第二代道院長宅に建設し、土日を中心に稽古や教区活動を行っております。

2016年に松原光孝が第3代道院長としてバトンを引継ぎ(交代日：2015年9月1日、認証日：2016年11月1日)現在に至っております。先代から引き継いだものを基盤に、少林寺拳法の技と精神を生活の中にも生かし、幸せで充実した生き方につながるような活動をしていきたいと考えております。